Jednym z głównych punktów programu będzie Pałac Krzysztofory, gdzie oprócz zwiedzania wystaw „Kraków od początku, bez końca” oraz „Kunszt i fach. Kraków rzemieślników” odbędą się warsztaty rodzinne, spektakl „Królewski wehikuł czasu” oraz koncert chóru V Liceum Ogólnokształcącego im. Augusta Witkowskiego.
W Wieża Ratuszowa przez całą noc odbywać się będą oprowadzania z przewodnikiem, a ogromnym zainteresowaniem cieszą się również wydarzenia organizowane w Rynek Podziemny. Zwiedzający będą mogli odkrywać historię Krakowa podczas spacerów po trasie „Śladem europejskiej tożsamości Krakowa” oraz specjalnych oprowadzań archeologicznych.
Miłośnicy muzyki będą mogli odwiedzić Dom pod Krzyżem, gdzie zaplanowano pokazy gry na lutni oraz oprowadzania po wystawie „Kraków. Dźwięki, melodie, słowa”. Z kolei w Stara Synagoga odbędą się spotkania poświęcone muzyce żydowskiej i historii Żydów sefardyjskich.
W Muzeum Podgórza zaplanowano koncert wielokulturowego chóru Jednym Głosem oraz oprowadzanie „Mosty zamiast murów”, poświęcone historii wielokulturowego Podgórza.
Noc Muzeów będzie także okazją do odwiedzenia Fabryka Emalia Oskara Schindlera, gdzie oprócz zwiedzania wystawy „Kraków – czas okupacji 1939–1945” prezentowane będą filmy dokumentalne o polskich dzieciach, które podczas II wojny światowej znalazły schronienie w Nowej Zelandii. Zaplanowano także oprowadzania po wystawie „Wojenne dzieci”.
W Apteka pod Orłem odbędą się warsztaty dotyczące stereotypów i oprowadzania po ekspozycji poświęconej działalności Tadeusza Pankiewicza w krakowskim getcie. Z kolei przy ul. Pomorskiej będzie można zwiedzać dawne cele Gestapo oraz uczestniczyć w wykładzie dotyczącym ratowania Polaków przez ukraińskich Sprawiedliwych podczas okupacji niemieckiej.
Bogaty program przygotowało także Muzeum Nowej Huty. Uczestnicy będą mogli odwiedzić schrony przeciwlotnicze, wziąć udział w nocnych spacerach po Nowej Hucie oraz poznać historię nowohuckich rzeźb i architektury.
W Rydlówka zaplanowano oprowadzania poświęcone Lucjanowi Rydlowi oraz mini spektakle inspirowane jego twórczością. Natomiast w Thesaurus Cracoviensis będzie można zwiedzić muzealne magazyny z przewodnikiem.
Na uczestników czekają także wydarzenia organizowane w Muzeum i Centrum Ruchu Harcerskiego, gdzie przygotowano m.in. pokazy grup rekonstrukcyjnych, warsztaty dla dzieci oraz możliwość odwiedzenia fortecznej strzelnicy wirtualnej.
Muzeum Krakowa przypomina również o trwającym plebiscycie związanym z tegorocznymi obchodami Dni Pamięci Ofiar Gestapo. Internauci mogą głosować na patrona wydarzenia spośród kandydatów związanych z historią okupowanego Krakowa. Głosy można przesyłać do 19 czerwca 2026 roku.
